Una multitud de nuevos datos de secuenciación genómica llena los vacíos importantes en el árbol de la vida de la mosca de la fruta, según informan Bernard Kim de la Universidad de Stanford, EE. UU., y sus colegas en la revista de acceso abierto PLOS Biology, publicada el 18 de julio.
Las moscas de la fruta son organismos modelo clásicos en la investigación biológica y fueron una de las primeras especies en tener su genoma completo secuenciado. Con más de 4400 especies, la diversidad de la familia de la mosca de la fruta podría ofrecer información sobre los patrones y procesos evolutivos. Pero solo una fracción de estas especies tiene su genoma secuenciado, y la mayoría de las secuencias de genomas de moscas de la fruta publicadas son de un conjunto muy limitado de especies con cepas de laboratorio representativas.
Para abordar esto, los investigadores secuenciaron los genomas de 179 especies de moscas de la familia Drosophilidae, incluidas moscas capturadas en la naturaleza, especímenes de museo preservados y cepas criadas en laboratorio. Utilizando un enfoque de secuenciación híbrida que combina las tecnologías de secuenciación de lectura corta y larga más nuevas, pudieron producir secuencias de genomas de alta calidad y bajo costo a partir de material limitado. Utilizaron las nuevas secuencias de genomas y los datos publicados previamente para producir un árbol filogenético para 360 especies de la familia Drosophilidae, refinando nuestra comprensión de las relaciones evolutivas de estas especies. También alinearon casi 300 genomas de moscas de la fruta como una herramienta de código abierto para futuras investigaciones de genómica comparativa, como una alineación de genoma completa.
Si bien los esfuerzos de secuenciación a gran escala para organismos más grandes como los mamíferos están en marcha, este estudio demuestra que la secuenciación del genoma para organismos pequeños como moscas individuales, incluso las que se conservan en museos durante hasta dos décadas, ahora es posible.
Los autores agregan: “Ahora es totalmente factible pensar en ensamblar genomas para cientos o miles de especies, incluso con el presupuesto de investigación de un solo laboratorio. Este tipo de muestreo a gran escala a nivel de clado nos proporcionará un nivel de resolución sin precedentes para estudiar las secuencias de genoma de grupos diversos como las moscas de la fruta y más allá, lo que seguramente mejorará nuestra comprensión del proceso evolutivo.”
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En su cobertura, utilice esta URL para proporcionar acceso al artículo disponible gratuitamente en PLOS Biology:
Citación: Kim BY, Gellert HR, Church SH, Suvorov A, Anderson SS, Barmina O, et al. (2024) Ensamblajes de genoma de una sola mosca llenan lagunas filogenómicas importantes en el árbol de la vida de Drosophilidae. PLoS Biol 2(7): e3002697.
Países de los autores: Estados Unidos, Reino Unido, Japón, República Checa, Finlandia, Australia, Canadá
Financiamiento: ver manuscrito
Revista
PLoS Biology
Método de investigación
Estudio observacional
Sujeto de investigación
Animales
Declaración de COI
Conflictos de intereses: los autores han declarado que no existen conflictos de intereses.
